Семинар по ЭТЭ. Пост 18 (январь 2019 г.).

 

ФАКТОЛОГИЯ ПО МОЛЕКУЛЯРНОЙ ЭПИГЕНЕТИКЕ И «ПРОГРАММАМ РАЗВИТИЯ» в книге «Эволюция онтогенеза» (Озернюк, Исаева, 2016; KMK Scientific Press).

 

Это второй пост по данной монографии (первая публикация была о принципе модулярности, см. Пост 17). Как отмечено в первом посте, в книге собрана большая фактология по «молекулярной эпигенетике» и «ранним программам развития» («под эпигенетикой понимают совокупность регуляторных механизмов, которые не закодированы непосредственно в геноме» — с. 111 в книге, см. также отдельный пост 14 на эту тему). Ниже приводится подборка наиболее важных фактов и формулировок первичных обобщений.

[Примечание:  (1) интерпретация фактов в плане понимания эволюции морфогенеза может быть иной, чем дается авторами, поскольку это зависит от того «образа мира», т.е. способа интеграции суммы предыдущих знаний, через которые  человек смотрит на новую  фактологию (см. Шишкин: «Теория эволюции и научное мышление»; Палеонтол. Журнал 2010, N6 – — т.е. об интерпретации речь здесь не идет. (2) подсветка в тексте моя].

Реклама

Семинар по ЭТЭ. Пост 17 (январь 2019 г.).

 

МОДУЛЬНЫЙ ПРИНЦИП В ТРАКТОВКЕ ОРГАНИЗАЦИИ METAZOA — как он излагается в книге «Эволюция онтогенеза» (Озернюк, Исаева, 2016; KMK Scientific Press).

 Этой книге будут посвящены 3 публикации на блоге. Первая касается принципа модулярности.

Видение авторами эволюции вообще и, в частности, эволюции онтогенеза, базируется на одном принципиальном основании, которое принимается ими как аксиома. Это основание – принцип модулярности, или «модульный принцип организации Metazoa» (отдельная главка Главы 1. С.33-37), который является важной составляющей того направления осмысления эволюции онтогенеза, которое широко известно под брендом «эво-дево» (evo devo) [авторы – осознанные последователи этого направления].

Семинар по ЭТЭ. Пост 16 (январь 2019 г.).

 

ТРАКТОВКА ОНТОГЕНЕЗА В ЭТЭ В ПОНИМАНИИ ФИЗИКА.

Готовя одну из публикаций для блога ЭТЭ и набрав в поисковой строке «эволюция как эпигенетический процесс», я наткнулся на пост об одной из краеугольных статей М.А.Шишкина (с одноименным названием, в хорошо известной всем книге «Современная палеонтология», 1988, том 2). Пост с текстом статьи предваряло Введение о различии СТЭ и ЭТЭ, которое мне показалось интересным по языку и которое я полностью привожу ниже (комментировать его не буду, предоставляя это Михаилу Александровичу, если он увидит в этом какую-то необходимость). Статья (и Введение к ней) были даны на блоге, посвященном памяти «товарища» Владимира Белла (В.С. Беломытцев, 1955 — 2010), который был по образованию физиком. Из чего я заключил (как и по лексике Введения), что его ведут физики-кибернетики с широкими мировоззренческими интересами. Почему и назвал этот пост «….. в понимании физика».

Ниже Введения дана ссылка на упомянутый пост на упомянутом блоге. Там дан весь текст упомянутой статьи М.А.Ш. (тоже полезно — не у всех он есть, поскольку сборник «Современная палеонтология» выходил давно) — с небольшими комментариями того же «физика» к конкретным абзацам статьи и одним пространным комментарием к понятию «энтелехия» у Дриша (что также показалось интересным). В целом интересно и то, что ЭТЭ, как она задана М.А.Ш. (алгоритм эволюции в данной модели), весьма интересует физиков и химиков (натыкался на обсуждение  статьи на их Страницах не раз, но никогда так «не цепляло»). Автор Введения не комментирует эволюцию онтогенеза (это другая статья М.А.Ш. в той же книге, 1988; и от этой проблемы физики, конечно, далеки), но комментирует  регуляционный характер осуществления индивидуального развития 9по ЭТЭ)  и  задает свой лексический образ того,  как можно транслировать ключевые моменты развития (по ЭТЭ)  на язык кибернетики и как можно понимать словосочетание «генетическая информация» (подсветка моя).

Семинар по ЭТЭ. Пост 15 (декабрь 2018 г.).

EVA JABLONKA — «Genes as followers in evolution – a post-synthesis synthesis?»(Biology and Philosophy, 2006, 21:143–154)

Как уже говорилось ранее (см. Пост 12), в развитии того смыслового контекста, который так или иначе можно именовать эпигенетическим модусом мышления в толковании эволюционной фактологии, особую роль – в англоязычном мире – играют публикации Мэри Джейн Вест-Эберхард  и Эвы Яблонки.  Их «образу мира» в понимании процессуальности эволюции, как изменению конституции формы (т.е. как образуется новшество) посвящены посты 12, 13, 14.

Настоящий материал посвящен отдельной статье Эвы Яблонки, в которой она кратко разбирает знаменитую книгу Вест-Эберхард «Developmental Plasticity and Evolution» (2003, OUP, 795 стр.), ставшую основой для многих англоязычных монографий на тему Developmental Plasticity (многие из этих монографий суммированы, например, в таблице в книге «Flexible Phenotype», — Piersma, Gils, 2011).

В образовательной программе кафедры биологической эволюции Биофака МГУ книга рекомендована (для чтения) студентам-биологам, но я очень сомневаюсь, что многие из студентов или аспирантов одолели эту книгу целиком (она большая, а большие книги сейчас не любят). Краткий обзор логической структуры таких «долгих» книг очень полезен, и Эва Яблонка — высоко эрудированный биолог (в диапазоне вопросов от молекулярной биологии до психологии мышления и социопсихологии Homo sapiens) делает такой обзор в специальной статье. В любом случае статья Яблонки может быть полезна, как шпаргалка, для более легкого воспроизведения в памяти содержания «полновесной» и насыщенной фактологией книги Вест-Эберхард. К тому же интересны и различия в системе представлений между этими двумя авторами.

Семинар по ЭТЭ. Пост 14 (декабрь 2017 г.).

 

 

ЧТО ТАКОЕ ЭПИГЕНЕТИКА.

По статье: Eva Jablonka, Gal Raz. TRANSGENERATIONAL EPIGENETIC INHERITANCE: PREVALENCE, MECHANISMS, AND IMPLICATIONS FOR THE STUDY OF HEREDITY AND EVOLUTION.   The Quarterly Review of Biology, Vol. 84, No. 2 (June 2009), pp. 131-176

 

*Введение (KM)  — Понятие «эпигенетика» отражает лишь современное «системное» видение регуляции индивидуального морфогенеза или, другими словами, системное понимание того, что издавна именуется программой развития;  т.е. это раскрытие смысла понятия «система развития» у Гольдшмидта, понятий «забуференность» и «канализированность» у Шмальгаузена и Уоддингтона; «внутренний аппарат наследственности» в теории морфогенеза Шмальгаузена). Само по себе понятие «эпигенетика» не вмещает в себя весь тот объем осмысления и формализации эмпирики генетики, эмбриологии и сравнительной анатомии (включая палеоматериал), который был обозначен М.А.Шишкиным как эпигенетическая теория эволюции (ЭТЭ), где важнейшей составляющей является особое (опять же системное) понимание преобразования онтогенеза в долгой череде поколений на основе того принципа отбора («стабилизирующий отбор» Шмальгаузена, см. пост. 5), который — по своей процессуальности —  не сводим к наивному образу отбора как «сита» пред-осуществленных изменений (мутаций, макромутаций, уклонений развития), которым  до сих пор  мыслит  немалое число коллег.  Поэтому  (парадокс) можно быть эпигенетиком в понимании системности регуляции морфогенеза и оставаться преформистом в плане понимании эволюции морфогенеза (что я и пытался показать на последней ПИН-овской конференции «Морфогенез»…).

Современная эпигенетика включает в себя — как мощный слой эмпирики — «молекулярную эпигенетику» (см., например, N.Cary, The Epygenetic Revolution,2011; перевод на русс. — Несса Кэри, Эпигенетика, 2012), которая вытекает из собственных достижений молекулярной биологии и оказывается важным опорным камнем в смысловой постройке ЭТЭ.   (другое дело, что любой камень смысловой постройки  можно использовать и для разрушения).

Семинар по ЭТЭ — пост 13.

 

M. J. West-Eberhard: Developmental plasticity and the origin  of species differences. PNAS ,   2005,  vol. 102  suppl. 1,  6543–6549

Краткое изложение «западных» параллелей (у современных авторов) на пути поиска истины в понимании организма как целого (в его индивидуальном и историческом развитии) и, в частности,   алгоритма возникновения эволюционного новшества в линии предок – потомок, можно было бы начать и с наиболее известной по фактологии и огромной по объему текста книги Mary Jane West-Eberhard (DEVELOPMENTAL PLASTICITY, Oхford University Press, 2003). Только опираться я буду на краткий конспект идей её книги, представленный в 2005 году на коллоквиуме в Калифорнии, посвященном юбилею одного из главных трудов Эрнста Майра.

M. J. West-Eberhard. Developmental plasticity and the origin of species differences. PNAS ,   2005, vol. 102 suppl. 1, 6543–6549

Семинар по ЭТЭ — пост 12.

 

Pre´cis of Evolution in Four Dimensions: Eva Jablonka and Marion Lamb (BEHAVIORAL AND BRAIN SCIENCES (2007) 30, 353–392)

Вводное.

В самом начале серии постов о сути ЭТЭ было сказано, что тот путь понимания эволюции, как эпигенетического процесса, который был изложен М.А.Шишкиным (далее М.А.Ш.) в его статьях (начиная ещё с 1970-х годов), с некоторым запаздыванием проходят и другие ученые эволюционисты, не безразличные к вопросам из сектора «биологии развития», хотя и ограниченные на уровне «стартовой площадки» в основном теоретическим наследием Уоддингтона. Среди «этих других», как мне кажется, наиболее близок к той логике изложения и той планке осмысления эволюции, как она задана в статьях М.А.Ш.,   тандем двух авторов, Евы Яблонки и Мэрион Лэмб  [*Eva Jablonka — Professor in the Cohn Institute for the History and Philosophy of Science at Tel Aviv University; *Mary Lamb вefore her retirement, was a Senior Lecturer in the Biology Department of Birkbeck College, University of London].

Оба автора далеки от палеонтологии, поэтому в их работах не обсуждается проблематика филэмбриогенезов и соотношения эволюции онтогенеза и фенотипа (чему посвящен ряд сложных статей М.А.Ш.), но зато они более глубоко погружаются в зоологическую конкретику рассмотрения средово-адаптивного аспекта эволюции, как эпигенеза. В том числе в дивергенцию видов через их «прямое» (поведенческое) приспособление к среде и согласное с ним социально-поведенческое и это-экологическое обособление (наиболее «верхние» слои эпигенеза — поведение на основе BISs — Behavioral Inheritance Systems), сопровождающееся активным созданием собственной экологической ниши «обособленца». [*Eva Jablonka — изначально-молекулярный биолог, но она очень свободно обсуждает вопросы в диапазоне до когнитивной этологии, психологии мышления и ментальной эволюции человека)].

 

Предлагаемая к рассмотрению статья Евы Яблонки и Мэри Лэмб — краткое изложение сути их книги «Evolution in four dimensions: genetic, epigenetic, behavioral, and symbolic variation in the history of life.», изданной ранее (2005 г.). Другие совместные статьи этих авторов включают «Lamarckism and ageing» (1990) Gerontology; 36:323–32. \\ Epigenetic inheritance and evolution: The Lamarckian dimension, (1995) Oxford University Press. \\ Evolutionary epigeneics (2006a) In: Evolutionary genetics, ed. C. W. Fox & J. B. Wolf, pp. 252–64. Oxford University Press. \\ The evolution of information in the major transitions (2006b), Journal of Theoretical Biology 239:236–46. \\ The expanded evolutionary synthesis – a response to Godfrey-Smith, Haig, and West-Eberhard (2007). Biology and Philosophy 22:453–72.